Trabalhando com variaveis homogeneas bi dimensionais.

import javax.swing.JOptionPane;

public class UsandoMatriz {

    public static void main(String[] args) {

       int lin = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog(null,"Informe a quantidade   de linha da Matriz."));

       int col = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog(null,"Informe a quantidade   de coluna da Matriz."));

       int matriz[][] = new int[lin][col];

      

   for (int i=0; i<lin; i++)

         for (int j=0; j<col; j++)

             matriz[i][j] = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog(   null,"Digite o valor da posição["+(i+1)+(j+1)+"]","MATRIZ",1));

      

  System.out.println("Matriz Digitada.");

      

  for (int i=0; i<lin; i++){

  System.out.println();

         for (int j=0; j<col; j++)

             System.out.print(matriz[i][j] + "\t");

       }

    }

}